转基因和非转基因最大的区别，在于是否是自然存在的。
非转基因是自然界存在的，是自然选择出来的个体。而转基因作物通过生物技术，将某个基因从生物体中分离出来，之后植入另一种生物体内，从而培育出的具有新性状的生物，是属于人造的结果，而非自然存在。
非转基因的植物生长周期是不变的，必须要在一定的时间内才能成熟，而转基因的植物可以缩短作物开发的时间，打破物种界限，加快成熟，供应四季。
也因此，非转基因需要与自然条件相结合，故而产量较低，而转基因食品的产量可以人为控制，往往要高于非转基因的产量。
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