黄芩为多年生草本植物,根茎肥厚,肉质,径达2厘米,伸长而分枝,茎基部伏地,上升,高30~120厘米,基部径2.5-3毫米,钝四棱形,具细条纹,近无毛或被上曲至开展的微柔毛,绿色或带紫色,自基部多分枝。
黄芩的叶坚纸质,披针形至线状披针形,长1.5~4.5厘米,宽0.5~1.2厘米,顶端钝,基部圆形,全缘,上面暗绿色,无毛或疏被贴生至开展的微柔毛,下面色较淡,无毛或沿中脉疏被微柔毛,密被下陷的腺点,侧脉4对,与中脉上面下陷下面凸出,叶柄短,长2毫米,腹凹背凸,被微柔毛。
黄芩的花序在茎及枝上顶生,总状,常再于茎顶聚成圆锥花序,花梗长3毫米,与序轴均被微柔毛,苞片下部者似叶,上部者远较小,卵圆状披针形至披针形,近于无毛,花冠紫、紫红至蓝色,长2.3~3厘米,外面密被具腺短柔毛,内面在囊状膨大处被短柔毛,冠筒近基部明显膝曲,中部径1.5毫米,至喉部宽达6毫米,冠檐2唇形,雄蕊4,花丝扁平,花柱细长,花盘环状,子房褐色,无毛。
黄芩的小坚果卵球形,高1.5毫米,径1毫米,黑褐色,具瘤,腹面近基部具果脐,花期7-8月,果期8-9月。
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