随着《叛逆者》的热播，剧情逐渐走向结局，在结局前的锄奸行动中，女主角朱怡贞和林楠笙双双中枪受伤，两个人好不容易冰释前嫌有了一段同共同奋斗的生活，但却没想到因为泄密者的背叛导致两个人再次分离。
在结局处有两大悬念，第一个悬念就是锄奸行动并没有表明泄密者是谁，第二个悬念是朱怡贞落水之后没有明确表明是否还活着。观众们对锄奸行动的泄密者一直猜测不已，很多观众都怀疑是陆科长或者张姐，剧中没有说锄奸行动的泄密者到底是谁。
根据已经播出的剧情来猜测，这一切很可能是沉陈默群搞的鬼，陈默群投靠日军以后一直在帮着高桥做事，高桥对陈默群施加了很多的压力，命令陈默群尽快破获上海地下组织，陈默群为了能够苟活于世，不得不听从高桥的安排。
陈默群抓到了昔日的同事陆科长，希望陆科长能够向他提供关于地下组织的情报，他认为陆科长一定会告诉他共产党地下组织的据点，因为共产党是他们二人共同的敌人，但陆科长坚决不叛国，尽管陈默群用陆科长的女儿威胁他，陆科长选择慷慨赴死。最后陈默群找到了孟安南，两人联手去抓捕林楠笙和朱怡贞，根据种种迹象表明，这次锄奸行动的罪魁祸首就是孟安南和陈默群。
朱怡贞和林楠笙经过锄奸行动之后，虽然都受了伤，但并没有生命危险，两个人康复之后，接着为共产党事业而奋斗，但两个人在此之后再也没有见过面了。朱怡贞在后面执行任务的过程中枪落水，剧中并没有表明朱怡贞是否还活着。在电视剧的最后，林楠笙穿着解放军的军装和朱怡贞在延安重逢，两个人都穿着军装歌唱送别。
