最早的显微镜是16世纪末期在荷兰制造出来的。发明者是眼镜商亚斯·詹森和荷兰科学家汉斯·利珀希，他们用两片透镜制作了简易的显微镜。后来，意大利科学家伽利略和荷兰亚麻织品商人列文虎克，开始在科学上使用显微镜，第一次描述了许多肉眼所看不见的微小植物和动物。1931年，恩斯特·鲁斯卡通过研制电子显微镜，使得科学家能观察到像百万分之一毫米那样小的物体。
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